Multigene Panel Testing in Turkish Hereditary Cancer Syndrome PatientsEsra ARSLAN ATES1, Ayberk TURKYILMAZ3, Ceren ALAVANDA4, Ozlem YILDIRIM2, Ahmet Ilter GUNEY41Marmara University Pendik Training and Research Hospital, Genetic Diseases Diagnostics Center, Istanbul, Turkey and Istanbul University Institute of Graduate Studies in Science and Engineering, Molecular Biology and Genetics, Istanbul, Turkey
2Istanbul University Institute of Graduate Studies in Science and Engineering, Molecular Biology and Genetics, Istanbul, Turkey
3Karadeniz Technical University Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics, Trabzon, Turkey
4Marmara University Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics, Istanbul, Turkey
Objective: Hereditary cancer syndromes (HCSs) are a heterogenous
group of disorders caused by germline pathogenic variations in various
genes that function in cell growth and proliferation. This study aimed to describe the germline variations in patients with hereditary cancer using multigene panels.
Methods: The molecular and clinical findings of 218 patients with HCS were evaluated. In addition, 25 HCS-related genes were sequenced using a multigene panel, and variations were classified according to the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) criteria. In total, 218 HCS patients predominantly with breast, colorectal, ovarian, gastric, and endometrium cancers were included.
Results: Pathogenic variations in 12 distinct genes were detected in 36 of 218 (16.5%) cases. In this study, the most affected gene was the ATM gene, in which pathogenic variations were detected in 8 of 218 cases, followed by CHEK2 (3.2%), MUTYH (3.2%), BRIP1 (1.8%), BARD1 (0.9%), TP53 (0.9%), PALB2 (0.4%), MLH1 (0.4%), MSH2 (0.4%), PMS2 (0.4%), RAD50 (0.4%), and RAD51C (0.4%).
Conclusions: This study contributes to genotype-phenotype correlation in HCSs and expands the variation spectrum by introducing three novel pathogenic variations. The wide spectrum of the gene pathogenic variations detected and the presence of multiple gene defects in the same patient make the multigene panel testing a valuable tool in detecting the hereditary forms of cancer and providing effective genetic counseling and family specific screening strategies. Keywords: Cancer predisposition, genetic counseling, hereditary cancer, next generation sequencing
Türk Toplumunda Kalıtsal Kanser Sendromu Hastalarında Çoklu Gen Panel TaramasıEsra ARSLAN ATES1, Ayberk TURKYILMAZ3, Ceren ALAVANDA4, Ozlem YILDIRIM2, Ahmet Ilter GUNEY41Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi, İstanbul, Türkiye and İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik, İstanbul, Türkiye
2İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik, İstanbul, Türkiye
3Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı, Trabzon, Türkiye
4Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye.
Amaç: Herediter kanser sendromları (HCS) hücre büyümesi ve proliferasyonunda görevli genlerde saptanan germline mutasyonlardan kaynaklanan heterojen bir grup hastalıktır. Bu çalışmada kalıtımsal kanser sendrom ön tanısıyla değerlendirilen olgularda çoklu gen paneli ile germ hattı varyasyonlarının değerlendirilmesi planlanmıştır.
Yöntemler: Kalıtımsal kanser sendromu düşünülen 218 olgudan periferik kandan DNA izolasyonu sonrası HCS ile ilişkili 25 gen multigen panel kullanılarak dizilendi ve varyasyonlar American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) kriterlerine göre değerlendirildi.
Bulgular: Meme, kolorektal, over, gastrik ve endometriyum kanseri başta olmak üzere toplam 218 herediter kanser sendromlu olgu değerlendirildi. Tüm çalışma grubu incelendiğinde en sık ATM gen varyasyonları (8/218, %3,6) tespit edildi ve bunu sıklık sırasına göre CHEK2 (%3,2), MUTYH (%3,2), BRIP1 (%1,8), BARD1 (%0,9), TP53 (%0,9), PALB2 (%0,4), MLH1 (%0,4), MSH2 (%0,4), PMS2 (%0,4), RAD50 (%0,4), RAD51C (%0,4) varyasyonları takip etmekteydi.
Sonuçlar: Bu çalışmada farklı kanser türlerinde kalıtımsal kansere yol açan genler analiz edilmiş ve fenotiple ilişkisi değerlendirilmiştir. Ayrıca bu çalışmada ilk kez saptanan üç yeni varyasyon ile literatüre katkı sağlanmaktadır. Patojenik varyasyon tespit edilen genlerin geniş dağılımı ve aynı hastada birden fazla genetik varyasyonun varlığı düşünüldüğünde, uygun genetik danışma ve aileye özgü tarama planlaması yapmak için çoklu gen taraması kalıtımsal kanser hastalarının değerlendirilmesinde hızlı ve etkin bir yöntem olarak görünmektedir. Anahtar Kelimeler: Kanser yatkınlığı, genetik danışma, herediter kanser, yeni nesil dizileme
Esra ARSLAN ATES, Ayberk TURKYILMAZ, Ceren ALAVANDA, Ozlem YILDIRIM, Ahmet Ilter GUNEY. Multigene Panel Testing in Turkish Hereditary Cancer Syndrome Patients. Medeniyet Med J. 2022; 37(2): 150-158
Corresponding Author: Esra ARSLAN ATES, Türkiye |
|