Biomarkers of the Complement System in CancerElif Kubat Öktemİstanbul Medeniyet University Faculty of Medicine, Department of Engineering and Natural Sciences, Division of Molecular Biology and Genetics, İstanbul, Türkiye
Objective: Cancer is a disease characterized by an unregulated division of abnormal cells in the body. The discovery of oncogenes and tumor suppressor genes has paved the way for the targeted use of individual biomarkers and proteins in cancer therapy. The signaling pathways in cells are closely linked, and research into these connections would lead to more precise personalized treatments for cancer. An imbalance in the complement system is associated with the development and progression of cancer. Comparable variations in gene expression and common complement biomarkers in different cancer types are poorly understood. This study aims to gain insights into biomarkers linking the complement system to carcinogenesis.
Methods: Clinical and transcriptome data from the cancer genome atlas were used to analyze differentially expressed genes involved in the complement system in different cancer types. Various bioinformatics and machine learning techniques were used to suggest complement pathway-related carcinogenesis biomarkers.
Results: This study provides a comprehensive elucidation of component 7, complement factor-D, interleukin-11, apolipoprotein C1, and integrin-binding sialic acid protein proteins as common biomarkers associated with the complement system in cancer and highlights the diagnostic and prognostic potential of these biomarkers.
Conclusions: These biomarkers would pave the way for targeted cancer treatments in the context of precision medicine. Keywords: Neoplasms, transcriptome, systems biology, complement system proteins
Kanserde Kompleman Sisteminin BiyobelirteçleriElif Kubat Öktemİstanbul Medeniyet University Faculty of Medicine, Department of Engineering and Natural Sciences, Division of Molecular Biology and Genetics, İstanbul, Türkiye
Amaç: Kanser, vücutta anormal hücrelerin kontrolsüz bölünmesiyle karakterize edilen bir hastalıktır. Onkogenlerin ve tümör baskılayıcı genlerin keşfi, kanser tedavisinde bireysel biyobelirteçlerin ve proteinlerin hedefe yönelik kullanımına olanak sağlamıştır. Hücrelerdeki sinyal yolları birbirleriyle yakından ilişkilidir ve bu bağlantılar üzerindeki araştırmalar, kanser için daha hassas kişiselleştirilmiş tedaviler geliştirilmesine yol açabilir. Kompleman sistemi dengesizliği, kanserin gelişimi ve ilerlemesiyle ilişkilidir. Farklı kanser türlerinde gen ekspresyonundaki benzer varyasyonlar ve ortak kompleman biyobelirteçleri hakkında bilgiler sınırlıdır. Bu çalışmada, kompleman sistemini karsinogenezle ilişkilendiren biyobelirteçler hakkında bilgi edinilmesi amaçlanmıştır.
Yöntemler: Kanser genom atlasından elde edilen klinik ve transkriptom verileri, farklı kanser türlerinde kompleman sistemiyle ilişkili farklı şekilde ifade edilen genlerin analizinde kullanılmıştır. Çeşitli biyoinformatik ve makine öğrenimi teknikleri, kompleman yolu ile ilgili karsinogenez biyobelirteçlerini önermek için kullanılmıştır.
Bulgular: Bu çalışma, component 7, complement factor-D, interleukin-11, apolipoprotein C1 ve integrin-binding siyalik asit protein proteinlerini kanserde kompleman sistemiyle ilişkili ortak biyobelirteçler olarak kapsamlı bir şekilde ortaya koymakta ve bu biyobelirteçlerin tanısal ve prognostik potansiyelini vurgulamaktadır.
Sonuçlar: Bu biyobelirteçler, hassas tıp bağlamında hedefe yönelik kanser tedavilerine olanak sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: Neoplazmlar, transkriptom, sistem biyolojisi, kompleman sistemi proteinleri
Corresponding Author: Elif Kubat Öktem, Türkiye
|
|